/config/configuration.php
return array(
'padre1' => array(
'hijo1' => 'valor1',
'hijo2' => 'valor2',
)
);
Controller o View
//Obtener el archivo configuration
$config = Kohana::$config->load('configuration');
//Obtener valor
echo $config['padre1']['hijo1'];
//Guardar valor
$config['padre1']['hijo1'] = "julio";